Строителните разходи и-дългосрочните експлоатационни разходи на контейнерните къщи винаги са били основен проблем. Изследователите, чрез изчерпателни изчисления на общата цена на различните изолационни материали през целия им живот, откриха някои интересни явления: въпреки че са необходими по-дебели изолационни слоеве в райони с голяма-надморска височина, това не означава непременно по-голяма-ефективност на разходите. Някои високо-технологични изолационни материали (като аерогелни вакуумни панели), въпреки отличните им изолационни характеристики, са трудни за широко разпространение поради високата им цена.
Трябва да се отбележи, че оптимизирането на дизайна чрез научни методи за изчисление може не само да намали първоначалните разходи за строителство, но и значително да намали последващите разходи за потребление на енергия. Този холистичен подход за оптимизация прави къщите с контейнери по-конкурентоспособни по отношение на разход-ефективност, осигурявайки силна подкрепа за тяхното широко разпространение. Тези констатации предоставят практически справки за икономичния дизайн на контейнерни къщи-като се имат предвид както първоначалната инвестиция, така и внимателното изчисляване на дългосрочните-оперативни разходи.
